L'obiettivo di From Dust è, però, quello di proteggere la tua tribù dalle calamità naturali: tsunami, terremoti, eruzioni vulcaniche e incendi saranno all'ordine del giorno, o del decennio, dato che il tempo dal tuo punto di vista scorrerà molto più rapido. Prima di ogni catastrofe sarai avvertito dagli sciamani e, grazie ai tuoi poteri soprannaturali che ti permetteranno di spostare acqua e terra, dovrai salvare i tuoi protetti. In From Dust puoi scegliere fra due modalità di gioco: Storia e Sfida. Nella prima dovrai esplorare 13 territori e recuperare i poteri persi dagli antenati della tribù, mentre nella seconda dovrai realizzare specifiche missioni nel più breve tempo possibile, al termine delle quali potrai confrontare i tuoi risultati online.